Die Wurzeln des Gelben Enzians enthalten Bitterstoffe (hauptsächlich Gentiopikrosid und Amarogentin), die stark verdauungsfördernd wirken. Sie regen den Appetit an, fördern die Magensaftproduktion und werden zur Behandlung von Verdauungsstörungen wie Blähungen und Völlegefühl eingesetzt. Der Gelbe Enzian ist oft Bestandteil von Magenbittern und verdauungsfördernden Teemischungen. Der Gelbe Enzian ist eine wichtige Zutat für Enzianschnaps und andere Kräuterliköre. Die Wurzeln werden zur Herstellung von Schnaps und Likör verwendet, die für ihren herben, bitteren Geschmack bekannt sind. Diese Spirituosen werden traditionell in den Alpenregionen hergestellt und genossen. In der Naturheilkunde wird Gelber Enzian zur Stärkung des Immunsystems und zur Bekämpfung von Müdigkeit und Schwäche eingesetzt. Die Bitterstoffe sollen anregend auf den Körper wirken und helfen, allgemeine Erschöpfung zu lindern. Früher wurde Gelber Enzian auch als Mittel gegen Fieber und Erkältungen verwendet. In der heutigen Zeit wird dies jedoch weniger häufig praktiziert, da es effektivere Mittel gibt.
Bevorzugt sonnige bis halbschattige Standorte. Sie gedeiht am besten auf kalkhaltigen, gut durchlässigen Böden. Feuchte, aber nicht staunasse Bedingungen sind ideal.